Thông tư 94/2026/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành ngày 01/7/2026, có hiệu lực ngay từ ngày ban hành, quy định về quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro trong quản lý thuế. Một trong những nội dung tác động trực tiếp đến từng doanh nghiệp là cơ chế phân loại người nộp thuế theo 3 mức độ rủi ro: cao, trung bình và thấp – mức rủi ro này quyết định doanh nghiệp sẽ bị kiểm tra thường xuyên hay không, hoàn thuế nhanh hay chậm, và có bị áp dụng biện pháp quản lý hóa đơn chặt hơn hay không.
Bài viết này đi sâu vào 3 mức rủi ro và biện pháp quản lý tương ứng theo từng nghiệp vụ thuế – đăng ký thuế, kiểm tra hồ sơ khai thuế, hoàn thuế, kiểm tra tại trụ sở, quản lý nợ, miễn giảm thuế và hóa đơn chứng từ. Nếu bạn cần bức tranh tổng thể hơn về toàn bộ điểm mới của Thông tư 94/2026 (bao gồm cả cơ chế 4 mức tuân thủ, ứng dụng AI/Big Data trong quản lý thuế), có thể xem thêm bài phân tích chuyên sâu: Thông Tư 94/2026/TT-BTC: Toàn Bộ Điểm Mới Về Quản Lý Tuân Thủ, Quản Lý Rủi Ro Trong Quản Lý Thuế.
Thông tư 94/2026 là gì?
Thông tư 94/2026/TT-BTC được xây dựng trên cơ sở Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, quy định về quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro trong quản lý thuế. Tại Điều 13, người nộp thuế được phân loại thành 3 mức: rủi ro cao, rủi ro trung bình, rủi ro thấp. Đây là cơ sở để cơ quan thuế lựa chọn phương thức, mức độ và tần suất quản lý phù hợp với từng người nộp thuế, ở từng nghiệp vụ cụ thể chứ không áp dụng một cách quản lý đồng nhất cho tất cả.
Nói cách khác: hai doanh nghiệp cùng ngành, cùng quy mô doanh thu, nhưng nếu một bên có dữ liệu thuế “sạch” còn một bên có nhiều dấu hiệu bất thường, thì cách cơ quan thuế đối xử với hai hồ sơ hoàn thuế, hai đợt kiểm tra sẽ hoàn toàn khác nhau. Đó chính là bản chất của cơ chế quản lý theo rủi ro.
3 mức rủi ro của người nộp thuế theo Thông tư 94/2026
Rủi ro cao
Người nộp thuế bị xếp vào nhóm rủi ro cao thường là những trường hợp có dấu hiệu bất thường trong kê khai, biến động doanh thu/chi phí không giải thích được, lịch sử vi phạm, hoặc dữ liệu hóa đơn không nhất quán với tờ khai. Nhóm này chịu các biện pháp quản lý chặt nhất:
- Kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế;
- Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế;
- Tăng cường theo dõi, đôn đốc nghĩa vụ thuế;
- Áp dụng cơ chế kiểm tra trước – hoàn thuế sau đối với hồ sơ hoàn thuế;
- Có thể bị áp dụng biện pháp quản lý hóa đơn, chứng từ chặt chẽ hơn (kể cả ngừng sử dụng hóa đơn điện tử trong một số trường hợp).
Rủi ro trung bình
Đây là nhóm phổ biến nhất trong thực tế, không có vi phạm rõ ràng nhưng dữ liệu có một vài điểm cần làm rõ. Cơ quan thuế chủ yếu:
- Theo dõi, giám sát và phân tích dữ liệu định kỳ;
- Có thể yêu cầu giải trình hoặc bổ sung tài liệu khi phát hiện dấu hiệu cần làm rõ;
- Áp dụng hoàn thuế trước – kiểm tra sau nếu hồ sơ hoàn thuế chưa phát hiện rủi ro.
Rủi ro thấp
Nhóm này thường là doanh nghiệp có lịch sử tuân thủ tốt, dữ liệu nhất quán qua nhiều kỳ. Cơ quan thuế chủ yếu:
- Tiếp tục đánh giá mức độ tuân thủ và phân loại lại rủi ro cho kỳ tiếp theo;
- Không thực hiện kiểm tra, giám sát ngay mà chuyển sang cơ chế theo dõi định kỳ;
- Được hoàn thuế nhanh hơn, ít bị kiểm tra đột xuất hơn.
Lưu ý quan trọng: mức rủi ro không cố định, nó được đánh giá lại theo từng kỳ, dựa trên dữ liệu mới nhất. Một doanh nghiệp đang ở mức thấp vẫn có thể bị nâng lên mức cao nếu phát sinh dấu hiệu bất thường trong kỳ kê khai gần nhất.
Vì sao mức rủi ro lại quan trọng với doanh nghiệp?
Nhiều kế toán và chủ doanh nghiệp vẫn nghĩ “không vi phạm thì không sao” nhưng cơ chế quản lý rủi ro của Thông tư 94/2026 tác động đến doanh nghiệp ngay cả khi chưa có vi phạm nào xảy ra:
- Tốc độ hoàn thuế: hồ sơ rủi ro cao bị giữ lại kiểm tra trước, có thể chậm hoàn thuế nhiều tháng so với hồ sơ rủi ro thấp được hoàn ngay.
- Tần suất bị thanh, kiểm tra: rủi ro cao đồng nghĩa với xác suất bị chọn vào kế hoạch kiểm tra hằng năm cao hơn đáng kể theo Điều 17, tối đa 90% các cuộc kiểm tra theo kế hoạch được chọn dựa trên phân tích rủi ro.
- Quyền sử dụng hóa đơn điện tử: rủi ro cao có thể dẫn đến bị ngừng hoặc không được đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động kinh doanh hằng ngày.
- Chi phí tuân thủ: doanh nghiệp rủi ro cao phải dành nhiều nguồn lực hơn để giải trình, cung cấp hồ sơ, làm việc với cơ quan thuế – chi phí ẩn này thường bị đánh giá thấp cho đến khi phát sinh thực tế.
Vì mức rủi ro được tính toán tự động dựa trên dữ liệu (chứ không phải cảm tính), tính nhất quán và độ sạch của dữ liệu kế toán – thuế – hóa đơn trở thành tài sản phòng thủ quan trọng nhất của doanh nghiệp trong giai đoạn tới.
Biện pháp quản lý rủi ro theo từng nghiệp vụ thuế
1. Quản lý rủi ro trong đăng ký thuế (Điều 14)
| Nghiệp vụ | Rủi ro cao | Rủi ro trung bình | Rủi ro thấp |
|---|---|---|---|
| Thay đổi thông tin đăng ký làm đổi cơ quan thuế quản lý | Kiểm tra tại trụ sở trước khi chuyển | Giám sát, có thể yêu cầu giải trình | Đánh giá, phân loại cho kỳ sau |
| Tạm ngừng hoạt động, kinh doanh | Tăng cường quản lý nợ thuế, hóa đơn, vi phạm (nếu có) | Đánh giá, phân loại cho kỳ sau | Đánh giá, phân loại cho kỳ sau |
| Chấm dứt hiệu lực mã số thuế | Kiểm tra thuế tại trụ sở | Đôn đốc hoàn thành nghĩa vụ thuế | Đôn đốc hoàn thành nghĩa vụ thuế |
| Khôi phục mã số thuế | Rà soát, kiểm tra trước khi khôi phục | Khôi phục theo quy định | Khôi phục theo quy định |
2. Kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế
- Rủi ro cao: cơ quan thuế phân tích hồ sơ, lập danh sách, trình kế hoạch kiểm tra và thực hiện kiểm tra hồ sơ khai thuế cùng các khoản thu khác.
- Rủi ro trung bình và thấp: chưa thực hiện kiểm tra hồ sơ tại trụ sở cơ quan thuế, tiếp tục đánh giá tuân thủ và rủi ro cho kỳ tiếp theo.
3. Quản lý rủi ro trong hoàn thuế – nội dung doanh nghiệp cần lưu ý nhất
Đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT:
- Rủi ro cao: áp dụng nguyên tắc kiểm tra trước – hoàn thuế sau (có một số trường hợp ngoại lệ dựa trên kết quả kiểm tra kỳ liền kề).
- Rủi ro trung bình và thấp: nếu chưa phát hiện dấu hiệu rủi ro → hoàn thuế trước – kiểm tra sau; nếu có dấu hiệu rủi ro → cơ quan thuế có thể tạm dừng hoàn thuế để rà soát.
Nguyên tắc tương tự cũng áp dụng cho các hồ sơ hoàn thuế khác và các khoản thu khác.
4. Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế (Điều 17)
Theo quy định: không dưới 90% số trường hợp kiểm tra theo kế hoạch hằng năm được chọn dựa trên phân tích, đánh giá, phân loại mức độ tuân thủ và rủi ro; không quá 10% được chọn ngẫu nhiên. Doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro cao mới phát sinh có thể bị bổ sung vào kế hoạch kiểm tra bất kỳ lúc nào trong năm.
Nội dung này có liên hệ chặt với xu hướng kiểm tra thuế qua phương thức điện tử, xem thêm Thông Tư 89/2026 Quy Định Kiểm Tra Thuế Bằng Phương Thức Điện Tử Như Thế Nào?
5. Quản lý nợ thuế và cưỡng chế
| Mức rủi ro | Biện pháp |
|---|---|
| Cao | Tăng tần suất theo dõi trong tháng, tăng cường đôn đốc, làm việc trực tiếp, thu hồi nợ kịp thời |
| Trung bình | Theo dõi định kỳ hằng tháng, đôn đốc, tư vấn hỗ trợ, có thể áp dụng tạm hoãn xuất cảnh và công khai thông tin nợ thuế |
| Thấp | Đôn đốc, nhắc nhở, tư vấn hỗ trợ; chưa áp dụng tạm hoãn xuất cảnh hay cưỡng chế |
6. Miễn, giảm thuế (Điều 19)
- Rủi ro cao: kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trước khi giải quyết.
- Rủi ro trung bình và thấp: tiếp nhận, giải quyết hồ sơ; theo dõi, kiểm tra sau khi giải quyết theo kế hoạch hoặc khi phát sinh dấu hiệu rủi ro.
Doanh nghiệp đang tận dụng các chính sách ưu đãi có thể tham khảo thêm Công Văn 168: Cơ Quan Thuế Triển Khai Giảm Thuế TNCN, TNDN 30% Năm 2026–2027 để đối chiếu điều kiện áp dụng song song với mức rủi ro của mình.
7. Hóa đơn, chứng từ
- Rủi ro cao: có thể bị từ chối đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, ngừng sử dụng hóa đơn điện tử, hoặc áp dụng các biện pháp quản lý hóa đơn khác.
- Rủi ro trung bình và thấp: cơ quan thuế chọn mẫu để rà soát, tăng cường phân tích dữ liệu hóa đơn, đồng thời hỗ trợ, hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện đúng quy định.
Với các doanh nghiệp có phát sinh hóa đơn theo mô hình dịch vụ đặc thù (F&B, dịch vụ ăn uống…), có thể tham khảo thêm hướng dẫn thực tế tại Hướng Dẫn Xuất Hóa Đơn Đối Với Dịch Vụ Ăn Uống để tránh phát sinh dấu hiệu rủi ro không đáng có ngay từ khâu lập hóa đơn.
Thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế theo mức rủi ro
| Mức độ rủi ro | Thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế |
|---|---|
| Rủi ro cao (diện hoàn trước, kiểm tra sau) | Trong 01 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế |
| Rủi ro trung bình | Trong 03 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế |
| Rủi ro thấp | Trong 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế |
Đây là căn cứ quan trọng để doanh nghiệp xây dựng chính sách lưu trữ hồ sơ, chứng từ liên quan đến khoản thuế đã hoàn – lưu trữ càng lâu, càng chủ động khi bị kiểm tra lại.
Ví dụ thực tế: 2 doanh nghiệp, 2 mức rủi ro khác nhau
Để hình dung rõ hơn, hãy so sánh hai tình huống giả định cùng ngành thương mại, cùng quy mô doanh thu khoảng 50 tỷ đồng/năm:
- Doanh nghiệp A (nhóm rủi ro thấp): hóa đơn đầu vào – đầu ra khớp với tờ khai qua nhiều kỳ liên tiếp, không có giao dịch bất thường, nộp đúng hạn. Khi nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT, doanh nghiệp A được áp dụng hoàn trước – kiểm tra sau, nhận tiền hoàn trong thời gian ngắn, thời hạn kiểm tra lại kéo dài 5 năm nhưng xác suất bị kiểm tra đột xuất trong năm rất thấp.
- Doanh nghiệp B (nhóm rủi ro cao): có giao dịch với bên liên kết giá trị lớn, biến động doanh thu bất thường giữa các quý, từng bị nhắc nhở về hóa đơn. Hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp B bị áp dụng kiểm tra trước – hoàn thuế sau, kéo dài thời gian nhận tiền hoàn, đồng thời nằm trong nhóm có xác suất cao được đưa vào kế hoạch kiểm tra tại trụ sở trong năm.
Sự khác biệt giữa A và B không nằm ở việc ai “làm sai” mà nằm ở mức độ nhất quán và khả năng giải trình của dữ liệu. Đây chính là lý do năng lực đội ngũ kế toán, đặc biệt là vị trí kế toán trưởng, trở thành yếu tố quyết định mức rủi ro thuế thực tế của doanh nghiệp.
Checklist 5 nhóm dữ liệu doanh nghiệp cần rà soát ngay
- Hồ sơ khai thuế: tờ khai, phụ lục, số liệu kê khai, hồ sơ giải trình, sự thống nhất giữa tờ khai và sổ kế toán.
- Hóa đơn, chứng từ: hóa đơn đầu vào/đầu ra, chứng từ thanh toán, hồ sơ chứng minh giao dịch, các giao dịch có dấu hiệu bất thường.
- Hồ sơ hoàn thuế: đặc biệt các hồ sơ giá trị lớn, giao dịch phức tạp, dễ phát sinh dấu hiệu rủi ro.
- Nghĩa vụ thuế và công nợ: thuế phải nộp, đã nộp, còn nợ, thời hạn nộp, tình trạng xử lý.
- Dữ liệu kế toán – thuế: đảm bảo chuỗi dữ liệu Hóa đơn → Tờ khai → Sổ kế toán → Báo cáo tài chính → Chứng từ có thể đối chiếu và giải thích được bất cứ lúc nào.
Nếu chưa tự tin đội ngũ kế toán nội bộ có thể chủ động kiểm soát toàn bộ chuỗi dữ liệu trên, doanh nghiệp nên cân nhắc:
- Đào tạo bài bản đội ngũ kế toán trưởng, kế toán tổng hợp qua Khóa Huấn Luyện Kế Toán Trưởng hoặc Khóa Kế Toán Tổng Hợp của ACAC Academy;
- Trang bị năng lực ứng dụng công nghệ để tự đối chiếu dữ liệu trước khi nộp qua Khóa Kế Toán Trưởng Tích Hợp AI;
- Chủ doanh nghiệp, CEO cần nắm bức tranh quản trị rủi ro thuế ở tầm chiến lược, không phó mặc hoàn toàn cho bộ phận kế toán, có thể tham khảo Khóa Huấn Luyện CEO – Quản Trị Tài Chính Kế Toán;
- Với doanh nghiệp chưa đủ nguồn lực xây phòng kế toán chuẩn ngay, có thể tham khảo Dịch Vụ Tài Chính Kế Toán Doanh Nghiệp của ACAC để rà soát sổ sách định kỳ.
Câu hỏi thường gặp
1. Thông tư 94/2026/TT-BTC có hiệu lực từ khi nào? Từ ngày 01/7/2026, cùng ngày ban hành.
2. Người nộp thuế được phân loại theo mấy mức rủi ro? 3 mức: rủi ro cao, rủi ro trung bình và rủi ro thấp, áp dụng riêng cho từng nghiệp vụ quản lý thuế.
3. Mức rủi ro có cố định không hay thay đổi theo thời gian? Không cố định. Mức rủi ro được đánh giá, phân loại lại định kỳ dựa trên dữ liệu cập nhật của từng kỳ.
4. Hồ sơ hoàn thuế rủi ro cao được xử lý thế nào? Áp dụng nguyên tắc kiểm tra trước – hoàn thuế sau, có một số trường hợp ngoại lệ dựa trên kết quả kiểm tra hoàn thuế kỳ liền kề.
5. Doanh nghiệp rủi ro thấp có được miễn kiểm tra hoàn toàn không? Không. Doanh nghiệp rủi ro thấp vẫn tiếp tục được đánh giá, phân loại định kỳ và vẫn có thể bị chọn kiểm tra ngẫu nhiên (tối đa 10% kế hoạch kiểm tra hằng năm).
6. Thời hạn kiểm tra sau hoàn thuế khác nhau thế nào giữa các mức rủi ro? Rủi ro cao: 1 năm; rủi ro trung bình: 3 năm; rủi ro thấp: 5 năm, kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.
7. Doanh nghiệp cần làm gì để giảm mức rủi ro thuế? Đảm bảo tính nhất quán giữa hóa đơn, tờ khai, sổ kế toán và báo cáo tài chính; nộp đúng hạn; chủ động rà soát các giao dịch có giá trị lớn hoặc bất thường trước khi phát sinh dấu hiệu rủi ro.
Kết luận
Cơ chế 3 mức rủi ro theo Thông tư 94/2026/TT-BTC không phải là một thủ tục hành chính đơn thuần, nó trực tiếp quyết định tốc độ hoàn thuế, tần suất kiểm tra, và cả quyền sử dụng hóa đơn điện tử của doanh nghiệp. Vì mức rủi ro được tính toán dựa trên dữ liệu thực tế và được cập nhật liên tục, doanh nghiệp không thể “chờ đến khi bị kiểm tra” mới rà soát mà cần chủ động kiểm soát dữ liệu thuế – kế toán – hóa đơn ngay từ bây giờ.
Để hiểu toàn diện hơn về cách Thông tư 94/2026 thay đổi tư duy quản lý thuế (bao gồm cơ chế 4 mức tuân thủ và ứng dụng AI/Big Data), tham khảo thêm: Thông Tư 94/2026/TT-BTC: Toàn Bộ Điểm Mới Về Quản Lý Tuân Thủ, Quản Lý Rủi Ro Trong Quản Lý Thuế.
Bài viết liên quan:
- Thông Tư 94/2026/TT-BTC: Toàn Bộ Điểm Mới Về Quản Lý Tuân Thủ, Quản Lý Rủi Ro Trong Quản Lý Thuế
- Thông Tư 89/2026 Quy Định Kiểm Tra Thuế Bằng Phương Thức Điện Tử Như Thế Nào?
- Công Văn 168: Giảm Thuế TNCN, Thuế TNDN 30% Năm 2026–2027
- Hạn Nộp Tờ Khai Thuế GTGT Tháng 8/2026 Là Ngày 20/9 Hay 21/9/2026?
- Hành Trình Kế Toán Trưởng: Lộ Trình 6 Tháng
- Hướng Dẫn Xuất Hóa Đơn Đối Với Dịch Vụ Ăn Uống (ceo.acac.vn)
- Các Công Việc Kế Toán Nhân Sự Cần Làm Trong Tháng 9/2026 (ceo.acac.vn)
Chương trình đào tạo liên quan:
